
Durante la Primera República participó con entusiasmo en experiencias de educación popular y durante los años siguientes estudió con ahínco las ideas de Pí y Margall y las doctrinas internacionalistas. En 1833 entró en la compañía de ferrocarriles donde hacía de enlace entre los partidarios de Ruiz Zorrilla en el interior y el exterior del país. En 1886 tuvo que exiliarse a París, donde estuvo hasta 1901, tras participar junto a Villacampa en un intento de pronunciamiento republicano en Santa Coloma de Fernés. Allí reafirmó su vocación pedagógica y fundó la escuela laica en la que desarrolló una importante carrera al frente de la misma. Con esto se ganó el prestigio internacional como pedagogo librepensador. Estuvo, en estos momentos, mano a mano con los principales líderes anarquistas internacionales como Eliseé Reclus, Malato y Piotr Kropotkin.
Durante su periodo en Francia ingresó en Le Gand Orient de France, una de las ramas de la masonería francesa. Es estos años trabajo en proyecto de la Escuela Moderna, inaugurándola en el mes de agosto de 1901 ya en Barcelona. El éxito de la Escuela Moderna y la fama de los métodos aplicados dieron lugar a la multiplicación de centros educativos racionalistas en todo el Estado. Ferrer y Guardia propugnaba una educación basada en la evolución real y psicológica del niño, individualizada. Además, la escuela proponía una educación basada en la ayuda mutua, en la solidaridad y la crítica de las injusticias mediante el estudio de los mecanismos y las condiciones que la hacen posible.
Era partidario acérrimo de la huelga general como mecanismo de cambio y revolución, y del año 1901 a 1903 subvencionará un periódico llamado igual: huelga general. Sus artículos recogen la concepción literaria de la huelga general como preludio de la revolución social.
Se dijo que llegó a especular en bolsa, utilizando los beneficios para financiar acciones armadas como el atentado en París contra Alfonso XIII en 1905. Pero en 1906 se produce un suceso que conmocionó al país entero. Mateo Morral, traductor y bibliotecario de la Escuela Moderna perpetrará un atentado frustrado contra la persona de Alfonso XIII, al paso de la comitiva real por una céntrica calle de Madrid. En ese momento se pensó en Ferrer y Guardia como instigador de la acción, lo que llevó a la cárcel durante varios meses, al término de los cuales fue absuelto por falta d pruebas. Al año siguiente se traslada a Francia y a Bélgica donde fundará junto a otros librepensadores la Liga Internacional para la Educación Racional de la Infancia.
Pero de regreso a España, y debido al antiguo vínculo que le unía a Mateo Morral, es detenido en 1909 acusado esta vez de ser el instigador de las protestas que tuvieron lugar en julio en lo que se conoce como la Semana Trágica. Fue juzgado por un tribunal militar, dejando el proceso mucho que desear en cuanto a transparencia e imparcialidad se refiere, y condenado a la pena capital.
Así las cosas, al amanecer del día 13 de octubre de 1909 fue fusilado en la prisión de Monjuich. Se cuenta que exigió que no le vendaran los ojos y que, poco antes de que se escuchara la voz de ¡fuego! Se dirigió al pelotón de fusilamiento recordándoles que estaban matando a un inocente y fue entonces cuando exclamó: ¡VIVA LA ESCUELA MODERNA!
Nunca se demostró que fuera culpable de lo que se le imputaba, y el desarrollo del proceso deja a entrever una serie de intereses que pueden echar por tierra cualquier acusación. La indignación y las protestas fueron tan grandes en España y en el extranjero que provocaron la caída del gobierno de Antonio Maura.
Esta fue la sentencia:
Considera responsable del mismo, en concepto de autor y como jefe de la rebelión, al procesado Francisco Ferrer Guardia, con las circunstancias agravantes del art. 173 del mismo Cuerpo legal;